工业电脑在进行EMC设计时，最先考虑的是板卡自身的EMI（电磁干扰）设计。同时，工业电脑的使用环境较为复杂，除了考虑工业电脑自身的电磁辐射干扰外，防止外界因素对工业电脑造成干扰也是EMC设计要点。即工业电脑的EMC设计则是双向的。

1、工业电脑散热口的EMC设计

无论对内还是对外，处理电磁辐射最好的方法就是用一个全密封的金属盒子把电磁辐射体遮蔽起来。而由于散热、外接扩展设备的因素，工业电脑无法做到严格密封的状态。要求散热和电磁泄漏之间达到良好平衡性设计。实验表明，方形散热口要比圆形散热口具有更出色的防止电磁泄漏效果

2、机箱接缝处的EMC设计

根据理论，当工业电脑机箱上两个接触点之间的距离大于一定值时，两点之间就可能泄漏出电磁辐射。因此机箱接缝处的设计，也是验证EMC设计的一个重要指标。

工业电脑机箱采用的材料为优质铝合金，本身具有优秀的抗形变特性，且工业电脑机箱多为卧式，顶部钢板自身的重量和钢材特性已经能够保证机箱壁之间的严密接触。

此外，板卡和机箱的接缝处，也是极其容易引起电磁泄漏的地方。工业电脑内部会插入多块板卡，板卡和机箱的接触严密与否是电磁兼容是否优秀的一个重要指标，因此做工优良的工业电脑会采用EMI弹片确保板卡和机箱之间的接缝紧密可靠。

3、机箱表面的特殊设计

首先，工业电脑用在有强烈腐蚀性的环境时，如海上，机箱内外表面都必须要做抗腐蚀处理。

其次，工业电脑在振动环境下，会导致机箱内的某些电器元件接触到机箱内部表面，要求工业电脑在内部做喷漆处理使得机箱内壁不导电，以免造成短路，烧毁设备。